遺産分割協議は全相続人が参加しなければならず、行方不明者がいたとしてもその方を除いた協議は無効となってしまいます。

行方不明者といっても、
１．現在の住所が分からず連絡が取れない場合
２．調べても住所がなく居所が分からない場合
３．７年以上調べても居所が分からない状態が続き、生きているかどうか分からない場合
があります。

１の場合
まず行方不明者の住所を特定します。戸籍を調べ、行方不明者の本籍地を探します。本籍地の市区町村で発行している戸籍の附票で、行方不明者の現在の住所を確認できる可能性があります。行方不明者の現在の住所が特定できたら、手紙を書いたり直接住所地を訪ねたりして可能な限り連絡を取り、遺産分割の交渉を進めます。
１の方法でも、住所や居所が分からず連絡が取れない場合や、戸籍の附票から現在の住所が判明しない場合には、２の段階に進みます。

２の場合
家庭裁判所に不在者財産管理人選任の申し立てをします。家庭裁判所の許可を得て、この不在者財産管理人が行方不明者の代わりに遺産分割協議に参加することで、遺産を分割できます。

３の場合
家庭裁判所に失踪宣告を申し立てることで、行方不明になった時から７年後に亡くなったものとみなしてもらうこともできます（普通失踪）。この場合、行方不明者に子供（場合によっては孫）がいればその子供が相続人となりますので（代襲相続）、子ども（孫）遺産分割協議に参加しなければ遺産を分割できません。ただし、被相続人が亡くなった後に行方不明者が亡くなったとみなされた場合には、代襲相続は発生しません。

このほか船舶事故や遭難など、その後１年以上生きているかどうかがわからない場合も上記と同様に失踪宣告の申し立てができます（特別失踪）。